日田市は大分県の西部に位置する盆地で、有明海に注ぐ筑紫次郎 (筑後川)の上流部となる三隈川は市内の中心部を流れ、玖珠川や大山川、花月川、高瀬川などの支流が注ぎ込んで、水の生まれる里「水郷ひた」の景観を作 ります。

　藤蔭高校はその中心部に位置し、周辺地域は、市庁舎を始めとする行政機関や市民文化会館 (パトリア日田)、総合体育館、市複合文化施設 (AOSE)などの公共施設、日田駅やバスセンター等の交通の拠点が集まり、幕末に広瀬淡窓が開塾し、全国から塾生が集い、大村益次郎や高野長英、上野彦馬などの先哲が学んだ「史跡・咸宜園」や、秋の大祭・放生会 (仲秋祭)の 祭事が行われる大原八幡宮などが点在します。

　本校では、咸宜園の教育を尊重し、「鋭きも鈍きも共に捨て難し、錐と槌とに使い分けなば (淡窓いろは歌)」 の個性重視を第一に掲げた教育を展開している学校です。「規律・礼儀・品性」を校訓三紀に掲げ、生徒の一人ひとりの見方・考え方・感じ方を教師が理解し、個に応じた適切な指導を心掛けています。